Sur le modèle de l'ordonnance n°2020-386 du 1er avril 2020 parue lors du premier confinement, un nouveau texte est adopté pour organiser les missions des services de santé au travail pendant cette période de pandémie liée au Covid-19. En effet, la médecine du travail doit rester mobilisée pour diffuser, à l'attention des employeurs et des salariés, des messages de prévention contre le risque de contagion mais aussi conseiller sur les mesures de prévention à adopter. Les services de santé au travail, sous réserves de précisions définies par décret, pourront procéder aux actions de dépistage et de vaccination. Le médecin du travail peut de nouveau prescrire et renouveler un arrêt de travail en cas d'infection ou de suspicion d'infection à la Covid-19. Il peut également établir un certificat médical pour les salariés vulnérables en vue de leur placement en activité partielle. Enfin, certaines visites médicales intervenant avant le 16 avril 2021 peuvent être repoussées et devront être effectuées avant le 16 avril 2022. 

Ordonnance n°2020-1502 du 2 décembre 2020 adaptant les conditions d'exercice des missions des services de santé au travail à l'urgence sanitaire, JO du 3 décembre 2020.